Flappy Moonbirds est un jeu de style arcade dans lequel le joueur contrôle l'oiseau Owlie. Owlie se déplace continuellement vers la droite et le joueur doit le faire passer à travers des paires de tuyaux avec des espaces placés à des hauteurs aléatoires. Le joueur touche l'écran tactile pour faire monter Owlie, qui descend automatiquement. Chaque passage réussi à travers une paire de tuyaux rapporte un point au joueur et chaque collecte réussie d'ether rapporte dix points.