Flappy Moonbirds, oyuncunun Owlie adlı kuşu kontrol ettiği bir arcade tarzı oyundur. Owlie sürekli sağa doğru hareket eder ve oyuncunun görevi, onu rastgele yüksekliklerde yerleştirilmiş boru çiftlerinin arasından geçirmektir. Oyuncu, Owlie'yi yükseltmek için dokunmatik ekrana dokunur ve o otomatik olarak alçalır. Bir boru çiftinden başarıyla geçiş her seferinde oyuncuya bir puan kazandırır ve her başarılı eter toplama on puan kazandırır.